SpringBoot2.0が公開されたのですが、
build.gradleにてプロパティが無いと怒られてしまいました。
調べたところ、リソースリローディングさせるには下記の変更が必要でした。
変更前(SpringBoot2.0以前)
bootRun { addResources=true }
変更後(SpringBoot2.0)
bootRun { sourceResources sourceSets.main }
これでbootRunさせれば起動され、Thymeleafのコンテンツも自動更新されます。